Кафедра высшей математики была создана в 1932 г. и существовала под таким названием до 1991 г. Первым заведующим кафедрой являлся Н.В. Кувыркин. В разные годы кафедру возглавляли выдающиеся математики: академик АН СССР Н.Н. Боголюбов, профессор Г.И. Дринфельд, А.С. Петров, Э.А. Мухачева, Ю.С. Шаталов. С 1998 г. по настоящее время заведующим кафедрой является профессор, д.ф.-м.н.В.А. Байков.

Одной из основных задач кафедры является чтение лекций и проведение практических занятий по всем основным и специальным разделам курса высшей математики для студентов всех специальностей и направлений подготовки в университете.На базе кафедры математики в 1983 г. была создана научно-исследовательская лаборатория «Математическое моделирование», в 2002 г. при кафедре создан научно-образовательный центр «Математическое моделирование процессов нефтедобычи», а в 2005 г. открыт «Институт компьютерных исследований».

С 1993 г. кафедра становится выпускающей и осуществляет подготовку бакалавров по направлению «Прикладная математика и информатика» и математиков-инженеров по специальности «Прикладная математика». Первый выпуск бакалавров прикладной математики и информатики состоялся в 1997 г., а первый выпуск математиков-инженеров – в 1998 г.